Ceux qui le souhaitent parmi le personnel du collège et parmi les parents peuvent s'unir en une fraternité missionnaire. La Fraternité des Trois saints Jean, s'inspire de l'esprit contemplatif de saint Jean l'Evangéliste, des méthodes d'éducation de saint Jean Bosco et de l'enseignement anthropologique et théologique de saint Jean-Paul II.
 
Le but des membres de cette fraternité repose sur deux paroles du Christ : « J'ai soif » (Jn. 19, 28) et « Quiconque accueille un petit enfant (...) à cause de mon nom, c'est moi qu'il accueille » (Mt. 18, 5). Ils recherchent une éducation guidée par le fait que la fin de l'homme se trouve en Dieu et que «  la gloire de Dieu, c'est l'homme vivant », selon l'expression de saint Irénée.
 
Puisqu'on ne peut enseigner que ce que l'on vit soi-même, ils s'engagent à à réserver à la prière au moins un quart d'heure par jour, à prier les uns pour les autres et pour les enfants qui leur sont confiés et à participer aux rencontres proposées par la fraternité.
 
Ceux qui souhaitent soutenir ses membres sans s'engager de manière formelle pourront prendre le nom de coopérateurs de la fraternité.